12小时工作制若超法定时限则违法。依据《劳动法》，每日加班不得超3小时，正常工作8小时，超12小时违法。长期超时工作严重影响员工健康，可能导致劳动纠纷及法律后果。
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12小时工作制违法需处理。具体操作：1. 若确认超时，先与公司沟通，要求改正；2. 沟通无果，向劳动部门投诉，提供工作时长证据；3. 或联系工会，请求协助调解；4. 仍无法解决，申请劳动仲裁，必要时提起诉讼，维护合法权益。
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遇到12小时工作制问题，处理方式多样。可选择向当地劳动部门投诉，或求助于工会，亦或申请劳动仲裁、提起诉讼。具体方式需根据实际情况和个人意愿选择。