旷工扣工资合法性视具体情况而定。依据《工资支付暂行规定》，若劳动合同有约定且经济损失由旷工造成，扣除合法但有限度（不超过月工资20%）。未及时合理处理可能导致劳动纠纷及赔偿。
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旷工扣工资需谨慎。操作方式：1. 确认劳动合同中是否有相关约定；2. 如有约定且旷工造成损失，按规定扣除，但不超过月工资20%；3. 无约定或扣除超出规定，员工可提出异议，协商不成可申请劳动仲裁。
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处理旷工扣工资，常见方式有依据合同扣除、协商或劳动仲裁。选择时，应优先考虑合同约定；若无明确条款，双方可协商；协商不成，则申请劳动仲裁以维护权益。